lf257, Applications: 在DocBook ...

原始地址：http://www.linuxfocus.org/ChineseGB/September2002/article257.shtml

by Egon Willighagen <egonw(at)linuxfocus.org> 关于作者: 在Nijmegen大学获得了化学硕士学位，现在正在同一所 大学进行分子表述博士研究。喜欢玩篮球和写 Java applications程序。 目录: 简介 一个DocBook文章 BibTeXML数据库 生成参考书目 格式化样式表 安装JReferences 关于本工程 参考 对这篇文章发表评论

在DocBook XML中使用BibTeXML书写科技文献

摘要:

在本文里，我将向你展示如何和DocBook XML一起，就像使用 参考注释系统一样使用BibTex。我开发了一个使这个过程简单 化的工具并且包装成了JReferences发行版。

简介

Latex用户都知道BibTex是多么有用。 它是一个很易用的工具，可以在其他的科学文献里增加参考注释而不需要关心实际的输出，因为它会自动更正的，例如，不需要任何手动的 设置就可以生成正确的配置。就像Latex一样。此外，在科技文献里面用上标数字来对参考注释标号是很平常的。就像¹。并且这些 数字要是连续的。BibTex也注意到了这一点。

DocBook正在一天天的成为我最喜欢的文本写作工具，因为它那清晰的、基于XML的语法，还有对建立站点的有力的支持（例如CDK站点 http://cdk.sf.net/，就是全部用DocBook完成的）以及手册页。 我下一步准备使用DocBook写科学文章。这样，我就需要基于DocBook的BibTex。所以，我就写了一个JReferences。

JReferences的功能比BibTex多了一点。就像BibTex一样，它有一个从无格式文本数据库中提取参考注释并且自动编号的工具， 但是它能做的更多。它支持更多种格式（包括输入和输出），还有一个可以被PHP前台访问的MySQL后台。 它还尝试着成为一个像EndNote一样的参考注释数据库。不过，因为这是一个开放源码的项目（遵循GPL协议）所以现在除了 我自己还没有吸引很多开发者，开发的进展比较缓慢。但是这并不是说它没有用，我会在这篇文章里给你展示其他的方面。

当这篇文章出版的时候，JReferences已经发展到了0.7.2版。 这篇文章考虑了这个版本。

一个DocBook文章

考察这个例子，你可以在JReferences包里面找到这个例子：

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC
"-//JReferences//DTD DocBook JReferences Module //EN"
                         "../dtd/jreferences.dtd" []>
<article>

  <jref:mode>Number</jref:mode>

  <articleinfo>
    <title>Test Article</title>
    <author><firstname>Egon</firstname>
	<surname>Willighagen</surname></author>
    <date> 3 May 2000</date>
  </articleinfo>

  <section>
    <title>Some section</title>
    <para>This is a text with a reference
   <jref:cite id="Steinbeck99"/>.</para>
    <para>And now for some more serious tests, we
    add a second reference <jref:cite id="Bachrach99"/>.
    And again the first reference <jref:cite id="Steinbeck99"/>.
    </para>
  </section>

  <jref:reflist/>

</article>

下面我一行一行的解释这个例子。第一行是一个公共行（可选的） 说明了这个文件的语法是XML。第二行到第四行注明了在DocBook中 使用的是XML语言，但是使用了JReferences模块替代了普通DTD。 普通的DocBook XML文档不能识别JReferences，使用那个DTD会产生 不合法的文档。JReferences模块，可以同时识别DocBook和JReferences （对于DocBook的高手：还不可以识别SVG和MathML）。这样，使用 这个模块你就可以再次确认你的文档。上面的例子就是一个合法的 DocBook文档。

第五行包含了正文的开始标签。到现在为止，一直都还不错。 第七行，有意思的开始了：第一个jref元素。<jref:mode> 元素被用来告诉JReferences使用哪种类型的数字来标记参考注释。 在这个介绍里，我已经说过了上标数字是使用的最经常的。 不过，你有很多选择的。JReferences支持[1]、¹、 还有[Steinbeck99]。其中后者指明了在参考注释中使用的代码。 这个示例中选择的是第一种。

下面的几行包括了DocBook的基本内容，下一个非常有趣的行是 第17行。在这行里，引用了第一个注释。Latex用户会喜欢\cite{} 表示这个，JReferences的语法是<jref:cite id="SomeID"/>。 其中的ID要和数据库中的注释相符合，我将在后面解释这个。 下一段有另外两个引用，其中一个又是第一个注释。

在第24行是用了<jref:reflist/>一边把真正的参考注释 包括进来。这个JReferences命令会会把他替换成一个DocBook格式的 参考注释列表，并且是按照他们被引用的顺序排列的。

BibTeXML数据库

JReferences系统需要一个数据库，在Latex/BibTex中有很多类似 *.bib的文件。JReferences支持BibTeXML后台，同时也支持其他的 （例如MySQL）。Vidar Gundersen和Zeger Hendrikse开发了 BibTeXML 在JReferences发行版(0.7.2)中还没有使用BibTeXML，但是这个 示例文章会有一个这样的BibTeXML文件：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<bibtex:file xmlns:bibtex="http://www.bitjungle.com/~bibtex/">

<bibtex:entry bibtex:id="Steinbeck99">
  <bibtex:article>
    <bibtex:title>JChemPaint - Using
        the Collaborative Forces of the Internet to
        Develop a Free Editor for 2D Chemical
        Structures</bibtex:title>
    <bibtex:author>Steinbeck, C. and
                      Krause, S. and
                      Willighagen, E.</bibtex:author>
    <bibtex:year>2000</bibtex:year>
    <bibtex:volume>5</bibtex:volume>
    <bibtex:pages>93-98</bibtex:pages>
  </bibtex:article>
</bibtex:entry>

<bibtex:entry bibtex:id="Bachrach99">
  <bibtex:article>
    <bibtex:title>End-User Customized Chemistry Journal
    Articles</bibtex:title>
    <bibtex:author>Bachrach, S. and
                      Krassavine, A. and
                      Burleigh, D.</bibtex:author>
    <bibtex:journal>J.Chem.Inf.Comput.Sci.</bibtex:journal>
    <bibtex:year>1999</bibtex:year>
    <bibtex:volume>39</bibtex:volume>
    <bibtex:pages>81-85</bibtex:pages>
  </bibtex:article>
</bibtex:entry>

</bibtex:file>

第二行有跟元素的开始标签<bibtex:file>。这样的一个文件 里面有一个或者多个<bibtex:entry>元素。每一个entry都是由 一个BibTeXML参考注释类型组成：article、book、inbook、incollection、 unpublished、misc等。每一个这样的参考注释包括了那种类型的特别的元素， 但是很多都是相同的，例如<bibtex:title>和<bibtex:year>。 JReferences发行版已经包括了BibTeXML DTD，这样任何一个可以识别DTD的 XML编辑器都可以很用以的编写BibTeXML文档。此外，JReferences包括了 KDE 3.x中的Meta DTD's for Kate（参见 Editing DocBook XML Documents），并且被自动安装到了 $HOME/.kde/share/apps/katexmlplugin下面。

Editing BibTeXML files with Kate, its XML plugin and JReferences' BibTeXML Meta DTD.

生成参考书目

看看上面的两个例子。那个DocBook文档被保存成了article.docbookxml， 而那个参考注释数据库被保存成了references.bibtexml。JReferences 还没有一个像bibetx程序那样的工具，但是可以用很少的几个命令完成 同样的事情。下面的命令假设你已经在一个类Unix的系统，例如Linux 上安装了JReferences（见下面）：

jref-clear --filedb
jref-set --filedb --bibtexml references.bibtexml
jref-number --filedb article.docbookxml > article-numbered.docbookxml

生成的文件名为article-numbered.docbookxml，是一个合法的 而没有任何<jref:*>元素的BocBook XML 4.1.2文档， 并且可以被其他的转化DocBook XML文档的工具进一步处理成其他各式， 例如PDF。（参见示例 Making PDF documents with DocBook）。

The resulting PDF with numbered references and an included bibliography.

这就是你所需要知道的全部。或者说，事实上……

格式化样式表

还有一件很好玩的事情。BibTex支持样式表，因为大部分定期刊物 在参考书目的样式方面有特别的需求。JReferences现在只有两种样式。 第一种是某一种DocBook XML默认的格式，并不是一种真正的样式。 但是JReferences中还有一种American Chemical Society (ACS) 要求的样式表。

<jref:reflist>元素有一个@style属性，你可以用这个属性 来设置样式表以取代默认的样式表。要想使用ACS样式表，你需要 把第28行换成

<jref:reflist style="ACS"/>

安装JReferences

JReferences需要已经安装了Java 1.3（或更高）、Xerces、 Log4J和DocBook XML DTD 4.1.2。某些工具需要附加的工具， 例如python（BibTex 2 BibTeXML转换需要），还有Perl（用来 清除EndNote的BibTex输出）。

如果这些已经都安装好了，可以这样安装JReferences：

./configure --prefix=$HOME
make
make install

如果某些工具没有找到，试试这些选项：--with-xercesdir、 --with-log4javadir和--with-sgmldir。输入"./configure --help"可以看到关于这些选项的更多信息。

关于本工程

JReferences现在已经开发两年了，尽管已经被下载了很多次但是我 没有得到很多反馈。更确切地说，只有我自己的经验。在最近的几个月中， 已经成功地使用JReferences写了一篇真正的科学文献。不管怎么样， 就行任何一个好的开放源码的工程，JReferences工程站点欢迎任何 建议、错误报告、补丁、想法和成功的故事。

参考

• DocBook XML, http://docbook.sf.net
• BibTeXML, http://bibtexml.sf.net
• JReferences, http://sf.net/projects/jreferences